作案手法一般无二，时间间隔如此接近，究竟是巧合还是谋划好的？凶手是个人还是组织？而凶手的作案动机又是什么？俗称为“零”的警察厅秘密组织会派出谁作为此案的执行者？身体变小头脑依旧灵活的，无所不知的名侦探柯南这次又会以怎样的身份，什么样的手法破案呢？还有......
种种谜团， 真相只有一个！
名侦探柯南——我们熟悉的音乐
凶手是谁？他的作案动机是什么？
“NAZU入侵事件”是一切的开始，去年有个游戏公司的员工闹着玩入侵NAZU的事件，负责那次事件的是公安检察官日下部诚。
日下部诚指派他的“协助者”羽场二三一对“NAZU入侵事件”进行搜查，在经过一番搜查之后，羽场得知NAZU非法接入数据还留在嫌疑人进出的游戏公司。
于是，他秘密潜入那家游戏公司想把数据偷出来，不料被刚好赶来的公安刑警风见裕也抓个正着。
当时负责调查羽场的主检察官是岩井纱世子，在这件案子上她对警察厅的公安警察言听计从，以羽场二三一的盗窃案为契机出人头地，上位统括检察官，成了同期的日下部诚检察官的上司。
羽场被起诉后，移送至拘留所由公安警察安室透审讯。（安室透本名叫降谷零，真实身份：警备局秘密机关“零”下属的警察官）
安室透也因为这件事，才知道连公安检察官都有“协助者”。
安室透为了隐瞒公安检察官使用“协助者”的实情，让羽场假装自杀，放弃他之前的人生。并且为了让公安检察官不再拥有“协助者”，安室透还嘱咐羽场将这件事对日下部诚保密。
羽场作为日下部诚的“协助者”，有时不得不违法进行危险的调查，正因为如此两人的关系情同手足，所以日下部诚恨公安警察！
当日下部诚得知“白鸟”回归日就是羽场祭日的时候，他就开始着手布置炸掉峰会会场以及“白鸟”探测器在警视厅坠落的恐袭。
日下部诚这样做，意在使公安警察威信一落千丈，权力大大削减，从而维护公安检查独有的权限和本该有的正义。
“海之涯”爆炸事件，凶手是怎样作案的？
日下部诚通过网络操作燃气栓，使得峰会现场充满燃气，然后将LOT压力煲当做点火物，用手机设定好压力、温度、时间，把峰会会场设施内的餐饮店厨房作为爆炸地点实施爆破。
而日下部诚的杀人动机只是公安警察，所以他选择的爆破时机只有公安警察在场。
就算这样，平民百姓牺牲的可能性也很大，而日下部诚的说法，“为了正义，多少有些牺牲也是没办法的。”
为了正义就算有人死掉都无所谓吗？！这才不正义！仇恨已经蒙蔽了日下部诚的双眼。
“海之涯”爆炸事件刚开始的时候被警方普遍认为是事故，是谁让它事件化的？又是怎样让爆炸事件成功事件化的？他又为什么要这样做？
（一）为什么会被警方认为是事故？
根据公安警察的鉴定结果，作案现场没有发现爆炸物，爆炸现场检测出大量燃气。因此警方断定是燃气爆炸，也就是事故，而非是恐怖袭击。
而且警方的这个判断还有一个重要依据，那就是5月1日各国要人才会齐聚会场，如果是针对首脑峰会的恐袭，不在那时候执行就没有意义了。
（二）是谁让它事件化的？
原来“海之涯”大规模爆炸那天，安室透发现燃气栓可以通过网络连接，他就已经察觉到了恐袭的可能性。
可按照警方的调查进展，事件会被当成爆炸事故来处理，所以安室透才制造了一个嫌疑人——毛利小五郎。
（三）安室透是怎样让爆炸事件成功事件化的？
安室透委托风见裕也，在事发现场留下毛利小五郎的指纹，且在毛利小五郎的电脑里留下建筑略图的安排表，故意栽赃给他。
（四）安室透又为什么要这样做？
